在本网站上，《中文科技期刊数据库》提供两种检索方式："分类检索"及"高级检索"。
　　"分类检索"入口位于首页的正中央，您可点击"分类检索"下列的任何一个类别即可进行。接着显示的是您所点击类别的下属子类；在您点击其中一个子类以后，将显示出该子类包含的全部文献标题、作者、刊物名称和出版年供您浏览；同时该页面的上方会出现一个"请输入检索词"的提示框，可让您进一步缩小在该类下的文献搜索范围。系统默认在关键词和题名字段搜索您输入的检索词。如您想通过点击标题得到更详细的信息，则必须注册、登录。
　　"高级检索"位于首页的左侧，点击"高级检索"下列的各数据库或在其它页面导航条上点击"数据库检索"进入相应的检索界面，您就可以进行功能更强、灵活度更大的检索。
　　1．选择检索途径 （如图） 　　
　　 打开检索界面，会看到左边的窗口。点击下拉菜单，里面有九种检索字段可供选择。包括"关键词、刊名、作者、第一作者、机构、题名、文摘、分类号、任意字段"，其中"任意字段"检索指在所有字段内检索。选定某一检索字段后，可在检索输入框输入检索词，点击<检索>按钮后，即实现相应的检索。 字段名前的英文字母为检索途径代码，在复合检索中将要用到。例如 K代表关键词、T代表题名等等。这些代码可直接加在检索标识前进行相应的字段限定，如'K=线粒体'表示在关键词字段中检索"线粒体"。

　　2．限定检索范围（导航树学科范围、年限、期刊范围及同义词库、同名作者库）
　　界面右方的窗口是《中文科技期刊数据库》学科分类导航和刊名导航系统。学科分类导航是树形结构的，参考《中国图书资料分类法》进行分类。选中某学科类别后，任何检索都局限于此类别以下的数据。右方是学科分类导航的图例。图中选择根目录下的"自然科学"一级类，展开后再选"数理科学"二级类，那么检索范围就局限于"数理科学"类别的信息。直接点击最底层类别就可以在概览区域中直接显示出该类别的记录。
　　年限默认为1989-2004也可以逐年限定。
　　期刊范围默认为全部期刊，可选择只检索核心期刊。
　　同义词库功能只有在选择了关键词检索入口时才生效，默认为关闭，选中既打开。
　　同义词库的使用方法是：
　　1) 进入《中文科技期刊数据库》的检索界面，在其左上角，有"同义词"选择框， 在框内打勾；
　　2) 在"检索入口"选项内，选"关键词"；
　　3) 在检索框内输入您的关键词；
　　4) 如果同义词表中，有该关键词的同义词，系统就会显示出来，让用户决定是否也用这些同义词检索。例：输入关键词"土豆"检索时，会提示"马铃薯、洋芋"等是否同时选中作为检索条件，从而可提高检索的查全率。 同名作者库功能与上类似，默认关闭，选中既打开；只有在选择了作者、第一作者检索入口时才生效。输入作者姓名检索时系统会提示同名作者的单位列表，选择想要的单位，点击<确定>即可检出该单位的该姓名作者的文章。

　　注意：检索范围的限定功能（年限、期刊范围、所输入的检索式）在进行导航树学科范围浏览时始终生效，所以在概览区显示的文章篇数并不一定是该学科的文章记录总数。

　　3．检索式和复合检索
　　简单检索请直接输入检索词。
　　复合检索有两种方式： 　
　　A、利用"二次检索"
　　在第一次结果的基础上再次检索。例如先选用"关键词"检索途径并输入'电脑'一词，输出结果；再选择"刊名"途径，输入'南京大学学报'，在"与、或、非"的可选项中选择'与'，点击<二次检索>，然后输出的结果就是刊名为'南京大学学报'，含关键词'电脑'的文献。二次检索可以多次应用，以实现复杂检索。
　　B、直接输入复合检索式
　　例如输入'K=电脑*J=南京大学学报'，和以上输出结果一样。检索词前面的英文字母是各字段的代码，可在检索选择框中查看。本数据库检索符号的对应关系为 '*'=与、'+'=或、'-'=非。在选用"任意字段"途径时可按布尔运算的规则写复合检索式，例：输入检索式为'(CAD+CAM)*服装'，检出结果等同用'CAD'检后，输入'CAM'并选'或' 选项进行二次检索，再输入'服装'并选'与'选项二次检索共三步的操作。

　　4．刊名浏览功能
　　在检索结果显示（细览区）处，您点击"【刊　名】"中表示期刊名称的链接，您可以看到这种期刊在本数据库中的收录年限，点击其中一个选项（例如：2001），那么您就可以查看到这种期刊在本年度中的所有期（例如：2001年总共有12期），然后点击其中任意一期您就可以看到这一期的主要文章的题目、文摘等信息了。

　　5．模糊和精确检索功能
　　在"检索式"输入框的右侧提供了"模糊"和"精确"检索方式的可选项，以便您进行更准确的检索。该功能在选定"关键词"、"刊名"、"作者"和"第一作者"和"分类号"这五个字段进行检索时，该功能才生效。系统默认 "模糊"检索，用户可选"精确"。例如，检索字段选择"关键词"，然后输入'基因'一词，在"模糊"（默认）检索方式下，将查到关键词字段含有'基因结构'、'基因表达'、'癌基因'、'人类基因组计划'、'线粒体基因'等词的相关文献；而在"精确"检索方式下，就只能查到含'基因'一词的相关文献。